株式譲渡所得の完全ガイド

株式譲渡所得は、株式等を譲渡（売却・無償譲渡等）したときに発生する譲渡所得（capital gains／譲渡益）を指す税務用語です。本記事では日本の所得税・住民税における扱い（申告分離課税・税率・計算方法・特例・申告手続き）を中心に、上場株式・非上場株式・外国株式の違いや実務上の注意点をわかりやすく整理します。読了後には、株式譲渡所得の基本的な計算、申告要否、損失の取り扱い、非上場株の特殊ルールなどを理解できます。

截至 2025-12-25，据国税庁（No.1463）報告、株式等の譲渡に関する基本的な税制は申告分離課税として整理されています。この記事は国税庁および主要な実務解説を参考に作成しています。

概要・法的根拠

株式譲渡所得は、所得税法上「譲渡所得」として扱われ、上場株式等の譲渡に関しては原則として申告分離課税が適用されます（国税庁 No.1463参照）。申告分離課税では、給与所得など他の所得と分離して課税され、定められた税率で課税されます。国税庁の通知や解説が最も一次的かつ権威ある出典です。

法的根拠：所得税法、地方税法、国税庁解説（No.1463）
適用対象：上場株式等や一定の株式等（以下で定義）

対象となる「株式等」の範囲

「株式等」「上場株式等」「一般株式等」の定義

株式譲渡所得の対象となる「株式等」は、所得税法や国税庁の解釈で具体的に定義されています。主な区分は以下の通りです。

上場株式等：証券取引所に上場されている株式、国内のETF、J-REITなど一部の受益証券を含みます。上場株式等は課税の扱いが比較的整理されています。
一般株式等（非上場株式を含む）：上場していない株式や特定の受益権等で、評価や譲渡の取扱いが上場株式等と異なります。

国税庁解説では、ETFや不動産投資信託（J-REIT）なども「株式等」に含まれる場合があるため、具体的な金融商品の性格に応じて判断が必要です。

暗号資産・有価証券との違い（補助）

暗号資産（仮想通貨）は、税務上の区分が株式等と異なるケースが多く、一般に譲渡益は雑所得や譲渡所得の別区分で扱われることがあります。暗号資産を扱う場合は、別途暗号資産特有の課税ルールを確認してください（Bitget Wallet等を利用する場合も、税務上の取扱いを確認することが重要です）。

課税方式と税率

株式譲渡所得に対する日本の代表的な課税方式は「申告分離課税」です。主要ポイントは以下の通りです。

課税方式：申告分離課税（原則、他の所得と分離して課税）
税率（標準）：所得税 15% + 復興特別所得税（0.315%＝所得税に対する2.1%）＝合計所得税部分 15.315%、住民税 5%。合計約 20.315%（端数処理で表示が前後することがあります）。
留意点：税率は法改正等で変わる可能性があるため、最新の国税庁情報を確認してください。

なお、非上場株式の譲渡や特定のケースでは課税方式や適用税率が異なる場合があります（例：発行会社への売却で配当的な扱いになるケースなど）。

譲渡所得の計算方法

株式譲渡所得の基本的な計算式と主要な要素は以下の通りです。

基本計算式

収入金額（譲渡価額） −（取得費 + 譲渡費用）＝譲渡所得の金額

収入金額：株式を売却して得た金額（手数料控除前の売却対価が通常の基準）。
取得費：株式を取得するために支払った金額（購入代金、手数料等）。
譲渡費用：売買仲介手数料、印紙税、売却に直接要した費用等。

取得費の取扱い（実額・概算取得費）

取得費が不明な場合は実務上、概算取得費を用いることが認められています。代表的なのは「収入金額の5%を取得費と見なす」方法です。具体的には取得費を証明する書類が無いときに、収入金額×5%を取得費とし、残額を譲渡所得とする運用があります。

ただし、概算取得費を用いるかどうかはケースバイケースで、実際には購入時の契約書・取引報告書などの保存が望ましいです。

為替換算のルール（外国株式の場合）

外国株式を売買した場合、取得時と譲渡時の円換算が課税上の重要なポイントです。

取得時・譲渡時の為替レートで円換算して、それぞれの円額の差額が譲渡所得（または損失）に影響します。
外国で源泉徴収された税金がある場合、日本の税務上は外国税額控除の対象となることがあり、二重課税を軽減する規定があります（要件あり）。

外国株式取引では、証券会社からの年間取引報告書や取引約定履歴を保存・確認し、為替換算の根拠を残すことが重要です。

申告の要否と口座制度（実務）

株式取引における申告の要否は使用している口座の種類や選択によって変わります。以下で主要な口座を整理します。

特定口座（源泉徴収あり／なし）

特定口座（源泉徴収あり）：証券会社が年間損益を計算し、税金を源泉徴収して納付します。基本的には確定申告不要ですが、損失の繰越を利用するなど確定申告が有利になるケースでは申告が必要です。
特定口座（源泉徴収なし）：証券会社が年間損益を計算して報告しますが、税金は源泉徴収されません。確定申告が原則必要です。

源泉徴収ありを選択していても、損益通算や損失繰越を行う場合や、他の所得との調整が必要なときは確定申告で対応することがあります。

一般口座の場合の申告義務

一般口座を利用している場合は、自分で年間の取引を集計し、確定申告を行う必要があります。年間の取引報告書、約定履歴、手数料の明細などを保存しておくことが重要です。

NISA・つみたてNISAの非課税措置

NISA（少額投資非課税制度）やつみたてNISAでは、非課税口座内の譲渡益・配当は一定期間非課税となります。

一般NISA：非課税保有期間と年間投資枠が設定されており、期間中の譲渡益は課税されません。
つみたてNISA：長期積立投資向けの非課税制度で、基本的に非課税扱いです。

NISA口座内での売買は原則として非課税ですが、口座間での株式移管や制度の細部ルールに注意が必要です。

損失の取り扱い（損益通算・繰越）

株式譲渡所得で生じた損失の扱いは投資家にとって重要です。上場株式等に係る譲渡損失については、以下の制度があります。

損益通算：上場株式等の譲渡所得と同一年内の上場株式等の配当所得（一定条件下）などと損益通算が可能です（適用範囲は法令で定められています）。
繰越控除（損失の繰越）：譲渡損失は確定申告を行うことで翌年以降3年間にわたって繰越控除が可能です。繰越控除を行うためには、損失が発生した年に確定申告を行う必要があります。

一方で、非上場株式の譲渡損失については、通算や繰越の適用が制限される場合があります。非上場株式の損失は、他の譲渡所得との通算が認められないケースもあるため、該当する場合は専門家に確認してください。

非上場株式の特殊取扱い

非上場株式の譲渡には上場株式等と異なる特殊ルールが存在します。代表的な論点を整理します。

発行会社への売却・「みなし配当」

発行会社に株式を売却した場合、売却対価の一部が発行会社からの利益の分配（配当）と見なされ、配当所得と譲渡所得の混合的な取り扱いになるケースがあります。特に、発行会社が買い戻す場合や、資本政策上の処理が「みなし配当」として扱われる場合には、配当課税（総合課税や申告分離の違い）や源泉徴収の取り扱いを検討する必要があります。

取得費不明時の実務、時価評価及び相続・贈与に絡む特例

取得費不明：帳簿や契約書が無い場合、概算取得費の適用や時価評価による判断が必要になります。非上場株の評価は困難であり、専門家に依頼することが一般的です。
相続・贈与の場合：相続や贈与で取得した株式を売却する場合、相続税評価額・贈与税の時価評価を取得費や譲渡価額の算定に反映させる必要があり、取得時の扱い（相続取得、贈与取得）で計算が変わります。

非上場株式は事業承継やM&Aの文脈で頻出するため、事前に税務相談を行うことを推奨します。

個人と法人での違い

個人の株式譲渡所得と法人の譲渡益は税制上の扱いが異なります。

個人：上場株式等の譲渡所得は申告分離課税が適用されるのが一般的で、上述の税率（約20.315%）が目安です。
法人：法人が株式を譲渡して得た場合は法人税・地方税の対象となり、課税方式や率、損金算入のルールが個人とは異なります。法人税率や損益通算のルール（連結納税など）を確認する必要があります。

事業で頻繁に株式売買を行う法人は、会計処理と税務計画を整備することが重要です。

特例制度・事業承継関連

取得費加算の特例（相続取得後の売却での取扱い）

相続で取得した株式を売却する場合に、相続税の課税価格に基づく取得費加算の特例が適用されることがあります。これは、相続税の二重負担を避けるための制度で、要件や計算方法が細かく定められています。

事業承継税制（非上場株式の贈与・相続での納税猶予等）

中小企業の事業承継に関する特例として、非上場株式の贈与・相続で納税が猶予される制度があります。適用要件（継続要件、雇用維持等）や手続きが厳格であり、申請のタイミングや書類整備が重要です。事業承継を検討する場合は、税理士や専門家と早めに相談することが推奨されます。

確定申告手続きと必要書類

確定申告時に必要となる書類や実務フローのポイントを整理します。

年間取引の集計：証券会社の年間取引報告書、約定履歴、受渡し明細。
特定口座年間取引報告書：特定口座を利用している場合、証券会社が発行する報告書を添付または参照して申告します。
申告書付表：上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除用の付表など（税務署の申告書様式）。
添付書類：取得費を証明する契約書、手数料の領収書、外国税額控除を受ける場合の国外源泉徴収証明など。

提出期限や電子申告（e-Tax）の活用も検討しましょう。e-Taxを使うと添付書類の省略や手続きの効率化が可能な場合があります。

実務上の注意点・よくある問題

株式譲渡所得で実務上よく発生する問題や注意点を列挙します。

親族間取引・時価未満譲渡での贈与税判定

親族間で時価未満で株式を譲渡すると、贈与税の問題となる可能性があります。時価で取引が行われているか、正当な対価が支払われているかは税務上重要な判断です。

上場廃止・破産による「みなし譲渡損失」取り扱い

上場廃止や発行企業の破産による価値喪失は、損失計上やみなし譲渡損失の扱いで特有の手続きが発生することがあります。上場廃止の場合の評価方法や、取引停止期間中の扱いにも注意が必要です。

多口座・複数証券会社での損益計算上の注意（合算・報告書の利用）

複数の証券会社で取引している場合、損益通算や損失の繰越を行う際に各社の取引を合算して計算する必要があります。特定口座の年間取引報告書を活用し、自己での集計ミスに注意してください。

米国株や外国証券取引での源泉徴収・外国税額控除や為替リスク

外国株式取引では現地で源泉徴収が行われる場合があります。日本での課税上は外国税額控除を利用できることがあるため、源泉徴収証明書等を保存しておくことが重要です。為替差損益の計算と証拠資料の保存も求められます。

具体例（計算例）

以下は理解を助けるための簡潔な数値例です。実務での取り扱いは個別事情によって異なるため、参考例としてご利用ください。

例1：上場株式の売却益（基本例）

取得価額（購入時）：100万円（取得費に含む手数料等を含む）
売却価額（売却時の収入金額）：150万円
譲渡費用（売却に係る手数料等）：1万円

譲渡所得 = 1,500,000 − (1,000,000 + 10,000) = 490,000円

課税額の目安（税率20.315%適用）＝ 490,000 × 0.20315 ≈ 99,574円

例2：取得費不明で概算取得費を適用

売却価額：200万円
取得費不明の場合の概算取得費：200万円 × 5% = 10万円
譲渡費用：2万円

譲渡所得 = 2,000,000 − (100,000 + 20,000) = 1,880,000円

課税額（目安）＝ 1,880,000 × 0.20315 ≈ 381,922円

例3：非上場株式を発行会社に売却した場合（みなし配当の可能性）

非上場株式を発行会社へ時価より著しく低い価格で売却した場合、税務上一部が配当とみなされるリスクがあります。配当扱いになった部分は配当所得として総合課税や申告分離のルールが適用され、税負担に違いがでることがあります。

出典・参考資料

国税庁 No.1463「株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）」 — 最重要出典（截至 2025-12-25，据国税庁公表）
AZN コラム、MA-succeed、安藤証券、スマッシュ経営、freee、野村（PDF）、神戸市（PDF）、M&A総研、知るぽると等 — 実務解説・手続き・事例の参考

付記：本文は国税庁等の公的情報を基に構成していますが、税制改正や個別事情により取扱いが変わる場合があります。最終的な税務判断や申告については、最新の法令および税理士等の専門家にご確認ください。

実務的なワンポイント（Bitgetユーザー向け）

株式取引が中心の記事ではありますが、仮に暗号資産や海外有価証券と組み合わせたポートフォリオを管理する場合、取引履歴の一元管理と証拠書類の保管が重要です。Bitget Walletを利用して暗号資産の入出金を管理する場合でも、株式譲渡所得の計算とは別で暗号資産の課税ルールを確認してください。Bitgetのアカウントから出力可能な取引履歴や取引報告書を保存しておくと、税務申告時に役立ちます。

さらに詳細を知りたい方は、税務署への相談や税理士への問い合わせを検討すると安心です。必要に応じて、Bitgetのサポートやウォレットのヘルプを利用してデータをエクスポートし、専門家に共有する準備をしておきましょう。

次のステップ：ご自身の年間取引を整理して、特定口座の有無、NISAの利用状況、外国株式の保有有無などを確認し、必要であれば税理士と相談の上で確定申告の準備を始めてください。

注：本記事は一般的な解説を目的としています。具体的な税務判断や申告手続きについては、最新の国税庁情報および税理士等の専門家にご相談ください。

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